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三系雜交（triple cross，three－way cross）是一種雜交方式，用于雜種優(yōu)勢育種，為單交種與自交系之間的雜交，以（A×B）×C表示之。一般以單交種作為母本，這樣雜種多，較為有利。
三系雜交是指配制一個優(yōu)良雜交種所需要的特定的三個系，包括不育系、保持系和恢復系必須配套才能使用的一種雜交方法。
“三系”指的是：不育系、保持系、恢復系。
1、雄性不育系（A）--基因型 S（msms）
2、雄性不育保持系（B）--基因型 F（msms）
3、雄性不育恢復系（R）--基因型 F/S（MSMS）
“三系”的基本選育原理是:不育系及保持系選育方法（通常成對育成） 利用天然不育株、人工誘變、遠緣雜交等可獲得雄性不育材料，然后用核置換方法選育。
三系雜交有別于兩系雜交，三系雜交種子的生產需要雄性不育系、雄性不育保持系和恢復系的相互配套。不育系的不育性受細胞質和細胞核的共同控制，需與保持系雜交，才能獲得不育系種子；不育系與恢復系雜交，獲得雜交種子，供大田生產應用；保持系和恢復系的自交種子仍可作保持系和恢復系。
兩系雜交種的生產只需不育系和恢復系。其不育系的育性受細胞核內隱性不育基因與種植環(huán)境的光長和溫度共同調控，并隨光、溫條件變化產生從不育到可育的育性轉換，其育性與細胞質無關。利用光溫敏不育系隨光溫條件變化產生育性轉換的特性，在適宜的光溫時期，可自交繁殖種子，而三系不育系必須與保持系按一定行比相間種植，依靠保持系傳粉異交結實生產不育系種子。兩系雜交種的雜種優(yōu)勢表現(xiàn)及機理與三系雜交種一樣，都是利用兩個遺傳組成不同的親本雜交產生雜交一代種子，在生產上利用雜種優(yōu)勢。
